《永夜協奏曲》的故事發生在十世紀初，作為西大陸上最大宗教組織的伊爾學會使用了禁忌的魔法，擊敗了他們的死敵，成功統一了整個大陸的信仰。但是卻帶來了巨大的后遺癥，那就是使得神的力量遲遲無法散去，長時間遮蔽著天空，讓陽光無法照射到地面。整個西陸在此后的100多年里一直處于黑夜籠罩的狀態，這段黑歷史就被稱作為“永夜”。

主角塞法是一個孤兒，他的親生父母都是宗教革命的犧牲品。后來，他被伊爾學會的一個很有權勢的名門收養，成為尊貴的三公子。他的大哥是樞密卿，而二哥則是千騎長。作為被寄予厚望的貴族，塞法從小被按照學會正統流程培養，將來繼承家業。但是隱藏在塞法沉穩性格下的內心，卻期望著叛逃出這個家族的牢籠。

在一次任務中，塞法結識了一位東陸少女。這名少女名叫安雪，實際上的身份是東陸一個小國的公主、以及宗教抵抗組織的一位煉金師。在安雪的引導下，塞法一步步的開始發現了自己身世的秘密，同時，他和安雪的關系也一步步的靠近。